2022年3月28日更新
18. Takashi ABE, Toshimichi IKEMURA. Junichi SUGAHARA, Akio KANAI, Yasuo OHARA, Hiroshi UEHARA, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, Yuko YAMADA, Akira MUTO, and Hachiro INOKUCHI, tRNADB-CE 2011: tRNA gene database curated manually by experts, Nucleic Acids Research, Vol. 39, Database issue, pp. D210-D213, November 2010.
17. Takashi ABE, Toshimichi IKEMURA, Yasuo OHARA, Hiroshi UEHARA, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, Yuko YAMADA, Akira MUTO, and Hachiro INOKUCHI, tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts, Nucleic Acids Research, Vol. 37, Database issue, pp. D163-D168, January 2009.
16. Hirotada FUJII, Koh-ichi SAKATA, Yoshihiro KATSUMATA, Rikiya SATO, Makoto KINOUCHI, Masanori SOMEYA, Shin-ichiro MASUNAGA, Masato HAREYAMA, Harold M. SWARTZ, and Hiroshi HIRATA, Tissue oxygenation in a murine SCC VII tumor after X-ray irradiation as determined by EPR spectroscopy, Radiotherapy and Oncology, Vol. 86, No. 3, pp. 354-360, March 2008.
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13. Takashi ABE, Hideaki SUGAWARA, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, and Toshimichi IKEMURA, Novel phylogenetic studies of genomic sequence fragments derived from uncultured microbe mixtures in environmental and clinical samples, DNA research, Vol. 12, pp. 281-290, October 2005.
12. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 池村淑道, ゲノムDNA配列に潜んでいる生物種の個性を明らかにする新規な統計数理的手法, 統計数理, Vol. 52, No. 1, pp. 207-215, 2004年4月.
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4. Shigehiko KANAYA, Yoshihumi UJIIE, Katumi HASEGAWA, Takehiro SATO, Hayato IMADA, Makoto KINOUCHI, Yoshihiro KUDO, Tateaki OGATA, Hiroaki OHYA, Hitoshi KAMADA, Kenji ITAMOTO, and Kazuhiro KATSURA, Proteome analysis of Oncorhynchus species during embryogenesis, ELECTROPHORESIS, 2000, Vol. 21, No. 9, pp. 1907-1913, May 2000.
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2. 木ノ内誠, 萩原将文, 複素リカレントニューラルネットワークを用いたメロディの記憶と想起, 情報処理学会論文誌, Vol. 39, No. 5, pp. 1232-1239, 1998年5月.
1. 木ノ内誠, 萩原将文, 複素ニューロンによる時系列の学習, 電気学会論文誌, Vol. 116-C, No. 7, pp. 748-754, 1996年7月.
21. Takashi ABE, Hideaki SUGAWARA, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, Yasaburo MATUURA, Heizo TOKUTAKA, and Toshimichi IKEMURA, A large-scale Self-Organizing Map (SOM) constructed with the Earth Simulator unveils sequence characteristics of a wide range of eukaryotic genomes, Workshop 2005 on Self-Organizing Maps (Paris, France), pp. 187-194, September 2005.
20. Takashi ABE, Toshimichi IKEMURA, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, and Hideaki SUGAWARA, A novel bioinformatics strategy for phylogenetic study of genomic sequence fragments: self-organizing map (SOM) of oligonucleotide frequencies, Workshop 2005 on Self-Organizing Maps (Paris, France), pp. 669-676, September 2005.
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18. Takashi ABE, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, Yoko KOSAKA, and Toshimichi IKEMURA, Novel bioinformatics for unveiling hidden characteristics in genome sequences and searching in silico for genetic signal sequences, The 8th World Multi-Conference on Systemics, Cybernetics and Informatics (Orlando, Florida, USA), pp. 105-112, July 2004.
17. Hirokazu NISHIO, Md. Altaf-Ul-Amin, Yukiko NAKAMURA, Takashi ABE, Makoto KINOUCHI, Toshimichi IKEMURA, K. KOBAYASHI, Naotake OGASAWARA, Shigehiko KANAYA, Gene classification based on expression profile using BL-SOM: suitability assessment of multivariate gene expression data to spherical and plain SOM by N-measure, The 8th World Multi-Conference on Systematics, Cybernetics and Informatics (Orlando, Florida, USA), pp. 597-604, July 2004.
16. Makoto KINOUCHI and Yoshihiro KUDO, Much faster learning algorithm for Batch-Learning SOM and its application to Bioinformatics, >Workshop on Self-Organizing Maps (Kitakyushu, Japan), pp. 107-111, September 2003.
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13. Takashi ABE, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, Yuta ICHIBA, Tokio KOZUKI, and Toshimichi IKEMURA, A novel bioinformatic strategy for unveiling hidden genome signatures of eukaryotes: self-organizing map of oligonucleotide frequency, Genome Informatics, Vol. 13, pp. 12-20, December 2002.
12. Makoto KINOUCHI and Yoshihiro KUDO, Detection of tRNA genes with introns from DNA sequences of Archaea, Genome Informatics, Vol. 12, pp. 431-432, December 2001.
11. Atsushi FUKUSHIMA, Makoto KINOUCHI, Yoshihiro KUDO, Shigehiko KANAYA, Hirotada MORI, and Toshimichi IKEMURA, Statistical analysis of genomic information: various periodicities in DNA sequence, Genome Informatics, Vol. 12, pp. 435-436, December 2001.
10. Makoto KINOUCHI, Takashi ABE, and Yoshihiro KUDO, Self-organizing mapping in codon usage diversity of bacterial genes, Joint Symposium on Bio-Sensing and Bio-Imaging (Yamagata, Japan), pp. 243-246, August 2001.
9. Kazuhiko KATSURA, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, Isao IOKA, Yoshihiro KUDO, and Tateaki OGATA, Detection of endocrine-disrupting activity for environmental materials by Salmonids, Joint Symposium on Bio-Sensing and Bio-Imaging (Yamagata, Japan), pp. 254-257, August 2001.
8. Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, Toshimichi IKEMURA, and Yoshihiro KUDO, Detection of tRNA based on the cloverleaf secondary structure, Genome Informatics, Vol. 11, pp. 301-302, December 2000.
7. Atsushi FUKUSHIMA, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, Yoshihiro KUDO, and Toshimichi IKEMURA, Statistical analysis of genomic information -- Long-range correlation in DNA sequences --, Genome Informatics, Vol. 11, pp. 315-316, December 2000.
6. Takashi ABE, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, Yoshihiro KUDO, Hirotada MORI, Hideo MATSUDA, Carlos Del Carpio, and Toshimichi IKEMURA, Gene classification method based on batch-learning SOM, Genome Informatics, Vol. 10, pp. 314-315, December 1999.
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4. Maki KATAOKA, Makoto KINOUCHI, and Masafumi HAGIWARA, Music information retrieval system using complex-valued recurrent neural networks, 1998 IEEE International Conference on Systems, Man, and Cybernetics (San Diego, California, USA), pp. 4290-4295, October 1998.
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2. Makoto KINOUCHI and Masafumi HAGIWARA, Memorization of melodies by complex-valued recurrent network , 1996 IEEE International Conference on Neural Networks (Washington, D.C., USA), pp. 1324-1328, June 1996.
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15. Takashi ABE, Toshimichi IKEMURA, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, and Hideaki SUGAWARA, A novel bioinformatics approach for microbial diversity of environmental samples on the basis of self-organizing map (SOM), The 13th Annual International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, The International Society for Computational Biology (Detroit, USA), June 2005.
14. Takashi ABE, Toshimichi IKEMURA, Tokio KOZUKI, Satoshi NAKAGAWA, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, and Hideaki SUGAWARA, A novel bioinformatics approach for phylogenetics analyses of environmental and clinical samples on the basis of self-organizing map (SOM), Human Genome Meeting 2005 (Kyoto, Japan), April 2005.
13. Takashi ABE, Toshimichi IKEMURA, Tokio KOZUKI, Satoshi NAKAGAWA, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, and Hideaki SUGAWARA, A novel bioinformatics approach for genome analyses of environmental samples on the basis of self-organizing map (SOM), 16th International Genome Sequencing & Analysis (Washington, D.C., USA), September 2004.
12. Toshimichi IKEMURA, Takashi ABE, Makoto KINOUCHI, Yoshihiro KUDO, Satoshi NAKAGAWA, Tokio KOZUKI, Yoko KOSAKA, and Shigehiko KANAYA, Novel bioinformatics for unveiling hidden genome signatures: identification of horizontally transferred genes and metagenome analysis, International Workshop for Escherichia coli Towards New Biology in the 21st Century (Awaji, Japan), p. 52, October 2003.
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10. Makoto KINOUCHI and Yoshihiro KUDO, Fast learning algorithm for Self-Organizing Map, International Workshop for Escherichia coli Towards New Biology in the 21st Century (Awaji, Japan), p. 110, October 2003.
9. Takashi ABE, Satoshi NAKAGAWA, Tokio KOZUKI, Makoto KINOUCHI, Yoko KOSAKA, Shigehiko KANAYA, and Toshimichi IKEMURA, Novel bioinformatics for phylogenetic classifications of genomic sequences from uncultured microorganisms in environmental, clinical samples, The 6th International Marine Biotechnology Conference (Chiba, Japan), September 2003.
8. Takashi ABE, Shigehiko KANAYA, Atsushi FUKUSHIMA, Makoto KINOUCHI, Yoko KOSAKA, Tokio KOZUKI, and Toshimichi IKEMURA, Inter- and intra- species characterizations of eukaryotic genome sequences and in silico prediction of genetic signal sequences, The 5th International Workshop on Advanced Genomics (Yokohama, Japan), p. 104, June 2003.
7. Takashi ABE, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, Nanayo ISHIHARA, Yoko KOSAKA, Tokio KOZUKI, Akira OHYAMA, and Toshimichi IKEMURA, Self-organizing maps reveal hidden genome characteristics on a single map analyzing 90 genomes of prokaryotes and eukaryotes, Human Genome Meeting 2003 (Cancun, Mexico), April 2003.
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5. Atsushi FUKUSHIMA, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, Yoshihiro KUDO, and Toshimichi IKEMURA, Statistical analysis of genomic information -- Long-range correlation in DNA sequences --, The 6th International Symposium, The Graduate University for Advanced Studies (Hayama, Japan), March 2001.
4. Makoto KINOUCHI, Takamitsu SAKAI, Shigehiko KANAYA, and Yoshihiro KUDO, Intron sequences of human mRNAs, The 6th International Symposium, The Graduate University for Advanced Studies (Hayama, Japan), March 2001.
3. Makoto KINOUCHI, Yuko YAMADA, Shigehiko KANAYA, Yoshihiro KUDO, and Toshimichi IKEMURA, Detection of tRNA genes in the complete genome sequence of unicellular and multicellular species, The 6th International Symposium, The Graduate University for Advanced Studies (Hayama, Japan), March 2001.
2. Yoshihumi UJIIE, Yoshihiro KUDO, Shigehiko KANAYA, and Makoto KINOUCHI, Architecture based on dipeptide usage by self-organizing mapping, The 6th International Symposium, The Graduate University for Advanced Studies (Hayama, Japan), March 2001.
1. Takashi ABE, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, Yoshihiro KUDO, and Toshimichi IKEMURA, Codon usage diversity of bacterial genes: An application of self-organization mapping for investigating origin of horizontal transfer genes, The 6th International Symposium, The Graduate University for Advanced Studies (Hayama, Japan), March 2001.
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80. 小坂栄介, 木ノ内誠, 濃淡散布図を利用したゲノム塩基配列の解析, 2021年度情報処理学会東北支部研究会 (山形大学), 2022年3月.
79. 佐藤謙介, 木ノ内誠, 生物群のゲノムにおける small RNA 相同配列の分布解析, 情報処理学会東北支部研究会, 平成30年度第7回 (米沢), 2019年3月.
78. 清水啓汰, 木ノ内誠, ゲノムにおける塩基使用頻度の分布に基づく解析, 情報処理学会東北支部研究会, 平成30年度第7回 (米沢), 2019年3月.
77. 村山諒真, 木ノ内誠, DNA 塩基配列における読み枠ごとのトリプレット出現頻度解析, 情報処理学会東北支部研究会, 平成30年度第7回 (米沢), 2019年3月.
76. 笹沼浩貴, 木ノ内誠, フーリエ級数展開を用いた環状DNAの解析, 情報処理学会東北支部研究会, 平成27年度第7回 (米沢), 2016年3月.
75. 伊藤圭汰, 木ノ内誠, DNA塩基配列における連文字の含量を用いた解析, 情報処理学会東北支部研究会, 平成27年度第7回 (米沢), 2016年3月.
74. 前川大智, 木ノ内誠, 原核生物のタンパク質コード領域における隣接コドンの解析, 情報処理学会東北支部研究会, 平成25年度第7回 (米沢), 2014年3月.
73. 前川大智, 木ノ内誠, コドン上での隣接する塩基の使用頻度解析, 情報処理学会東北支部研究会, 平成24年度第6回 (米沢), 2013年3月.
72. 小池公洋, 木ノ内誠, 文字の含量に基づくバクテリアゲノムの配列解析, 情報処理学会東北支部研究会, 平成23年度第8回 (米沢), 2012年3月.
71. 小池公洋, 木ノ内誠, バクテリアの塩基配列における文字の含量を用いた解析, 情報処理学会東北支部研究会, 平成22年度第6回 (米沢), 2011年3月.
70. 加藤雅人, 木ノ内誠, 特徴的な信号に着目した生物ゲノムの配列解析, 情報処理学会東北支部研究会, 平成21年度第6回 (米沢), 2010年3月.
69. 石井まゆ, 木ノ内誠, DNA塩基配列におけるパリンドロームの解析, 情報処理学会東北支部研究会, 平成20年度第6回 (米沢), 2009年3月.
68. 菅原遥, 木ノ内誠, ゲノムDNAにおけるtRNA/rRNA遺伝子配置の解析, 情報処理学会東北支部研究会, 平成20年度第6回 (米沢), 2009年3月.
67. 阿部貴志, 池村淑道, 小原康雄, 上原啓史, 中泉友紀, 平野晋也, 木ノ内誠, 金谷重彦, 山田優子, 武藤晃, 井口八郎, エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース, 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会 (神戸), 2008年12月.
66. 阿部貴志, 池村淑道, 小原康雄, 武藤晃, 山田優子, 上原啓史, 木ノ内誠, 金 谷重彦, 井口八郎, エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース, 日本遺伝学会第80回大会 (名古屋), 2008年9月.
65. 小林達史, 木ノ内誠, 制限酵素認識配列を手がかりとしたDNA塩基配列からの特徴抽出, 情報処理学会東北支部研究会, 平成18年度第6回 (米沢), 2007年3月.
64. 成田裕司, 木ノ内誠, 可聴化によるゲノムからの特徴抽出の試み, 情報処理学会東北支部研究会, 平成18年度第6回 (米沢), 2007年3月.
63. 平田拓, 勝又愛啓, 佐藤力哉, 木ノ内誠, 坂田耕一, 藤井博匡, 腫瘍内酸素分圧のEPRオキシメトリー, 第45回電子スピンサイエンス学会年会 (京都), pp. 324-325, 2006年11月.
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60. 阿部貴志, 池村淑道, 金谷重彦, 木ノ内誠, 上月登喜男, 中川智, 菅原秀明, 環境由来DNA配列解析に基づく培養困難な微生物群の系統推定のための新規な情報学的手法：自己組織化地図法 (Self-Organizing Map), 第7回微生物ワークショップ (かずさ), 2005年3月.
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58. 阿部貴志, 池村淑道, 中川智, 上月登喜男, 木ノ内誠, 金谷重彦, 菅原秀明, 環境由来DNA配列に基づいた自己組織化地図法(Self-Organizing Map)による培養困難な微生物群の系統推定手法の開発, 第27回日本分子生物学会年会 (神戸), 2004年12月.
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56. 阿部貴志, 池村淑道, 中川智, 上月登喜男, 木ノ内誠, 金谷重彦, 菅原秀明, 環境由来DNA配列に基づく培養困難な微生物群の系統推定のための新規な情報学的手法：自己組織化地図法(Self-Organizing Map), 第6回進化学会 (東京), 2004年8月.
55. 竹花みづほ, 木ノ内誠, 工藤喜弘, ゲノムDNA塩基配列の規則性に基づく遺伝子群の検出, 情報処理学会東北支部研究会, 平成15年度第5回 (米沢), 2004年3月.
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53. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 小坂洋子, 池村淑道, Non-coding RNAならびにcDNAのUTR領域の機能推定のための新規な情報学: 自己組織化地図法SOM, 第26回日本分子生物学会年会 (神戸), 2003年12月.
52. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 中川智, 上月登喜男, 福島敦史, 小坂洋子, 池村淑道, 真核生物ゲノム配列に潜む新たな暗号を網羅的に探索する情報学: 自己組織化地図法 (SOM: Self-organizing Map), 第26回日本分子生物学会年会 (神戸), 2003年12月.
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46. 木ノ内誠, 工藤喜弘, 一括学習SOMの学習高速化, ワークショップ「大腸菌ゲノミクスのさらなる発展に向けて: リソースの開発と今後」 (淡路), 2003年3月.
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40. 林稔久, 木ノ内誠, 工藤喜弘, 遺伝情報の質疑の広場, 日本コンピュータ化学会2002秋季年会 (米沢), pp. 56-57, 2002年11月.
39. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 市場勇太, 上月登喜男, 池村淑道, ゲノム配列中に潜む生物種固有な特徴を検出するための新規な情報学的手法, 日本遺伝学会第74回大会 (福岡), 2002年10月.
38. 池村淑道, 阿部貴志, 市場勇太, 渡辺良久, 木ノ内誠, 金谷重彦, ヒトゲノム配列中に潜む多様な特徴を検出する新規な情報学的手法; 自己組織化地図, 日本遺伝学会第74回大会 (福岡), 2002年10月.
37. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 上月登喜男, 市場勇太, 池村淑道, 広範囲な生物ゲノムに潜む種固有な特徴を検出するための自己組織化法 (SOM), 第3回CBI学会 (東京), 2002年9月.
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35. 阿部貴志, 木ノ内誠, 金谷 重彦, 西達也, 河合宏紀, 市場勇太, 西橋藍, 中川智, 上月登喜男, 大山彰, 工藤喜弘, 池村淑道, 改良型自己組織化法によるコドン組成に基づく遺伝子の分類, 第24回日本分子生物学会 (横浜), 2001年12月.
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(C)1999-2022 Makoto Kinouchi, Yamagata University