2014年4月22日更新

研究業績


学術論文

18. Takashi ABE, Toshimichi IKEMURA. Junichi SUGAHARA, Akio KANAI, Yasuo OHARA, Hiroshi UEHARA, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, Yuko YAMADA, Akira MUTO, and Hachiro INOKUCHI, ``tRNADB-CE 2011: tRNA gene database curated manually by experts,'' Nucleic Acids Research, Vol. 39, Database issue, pp. D210-D213, November 2010.

17. Takashi ABE, Toshimichi IKEMURA, Yasuo OHARA, Hiroshi UEHARA, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, Yuko YAMADA, Akira MUTO, and Hachiro INOKUCHI, ``tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts,'' Nucleic Acids Research, Vol. 37, Database issue, pp. D163-D168, January 2009.

16. Hirotada FUJII, Koh-ichi SAKATA, Yoshihiro KATSUMATA, Rikiya SATO, Makoto KINOUCHI, Masanori SOMEYA, Shin-ichiro MASUNAGA, Masato HAREYAMA, Harold M. SWARTZ, and Hiroshi HIRATA, ``Tissue oxygenation in a murine SCC VII tumor after X-ray irradiation as determined by EPR spectroscopy,'' Radiotherapy and Oncology, Vol. 86, No. 3, pp. 354-360, March 2008.

15. Makoto KINOUCHI and Ken KUROKAWA, ``tRNAfinder: A software system to find all tRNA genes in the DNA sequence based on the cloverleaf secondary structure,'' Journal of Computer Aided Chemistry, Vol. 7, pp. 116-126, September 2006.

14. Takashi ABE, Hideaki SUGAWARA, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, and Toshimichi IKEMURA, ``Self-Organizing Map (SOM) unveils and visualizes hidden sequence characteristics of a wide range of eukaryote genomes,'' Gene, Vol. 365, pp. 27-34, January 2006.

13. Takashi ABE, Hideaki SUGAWARA, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, and Toshimichi IKEMURA, ``Novel phylogenetic studies of genomic sequence fragments derived from uncultured microbe mixtures in environmental and clinical samples,'' DNA research, Vol. 12, pp. 281-290, October 2005.

12. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 池村淑道, ``ゲノムDNA配列に潜んでいる生物種の個性を明らかにする新規な統計数理的手法,'' 統計数理, Vol. 52, No. 1, pp. 207-215, 2004年4月.

11. Takashi ABE, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, Yuta ICHIBA, Tokio KOZUKI, and Toshimichi IKEMURA, ``Informatics for unveiling hidden genome signatures,'' Genome Research, Vol. 13, pp. 693-702, April 2003.

10. Atsushi FUKUSHIMA, Toshimichi IKEMURA, Makoto KINOUCHI, Taku OSHIMA, Yoshihiro KUDO, Hirotada MORI, and Shigehiko KANAYA, ``Periodicity in prokaryotic and eukaryotic genomes identified by power spectrum analysis,'' Gene, Vol. 300, pp. 203-211, October 2002.

9. Shigehiko KANAYA, Makato KINOUCHI, Takashi ABE, Yoshihiro KUDO, Yuko YAMADA, Tatsuya NISHI, Hirotada MORI, and Toshimichi IKEMURA, ``Analysis of codon usage diversity of bacterial genes with a self-organizing map: characterization of horizontally transferred genes with emphasis on E. coli O157 genome,'' Gene, Vol. 276, pp. 89-99, October 2001.

8. Shigehiko KANAYA, Yuko YAMADA, Makoto KINOUCHI, Yoshihiro KUDO, and Toshimichi IKEMURA, ``Codon usage and tRNA genes in eukaryotes: Correlation of codon usage diversity with translation efficiency and with CG-dinucleotide usage as assess by multivariate analysis,'' Journal of Molecular Evolution, Vol. 53, No. 4, pp. 290-298, October 2001.

7. 金谷重彦, 木ノ内誠, 大平賢, 工藤喜弘, ``ゲノム情報処理技術に基づいた生物種固有のコドン使用多様性,''情報知識学会誌, Vol. 10, No. 4, pp. 14-31, 2001年1月.

6. Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, and Yoshihiro KUDO, ``Detection of transfer RNA based on the cloverleaf secondary structure,'' Journal of Computer Aided Chemistry, Vol. 1, pp. 76-81, September 2000.

5. Yoshihumi UJIIE, Kouji SASAKI, Makoto KINOUCHI, Yoshihiro KUDO, and Shigehiko KANAYA, ``Prediction of proteolytic process based on N-terminal sequences and molecular weights by proteomics and proteome analysis,'' Journal of Computer Aided Chemistry, Vol. 1, pp. 82-88, September 2000.

4. Shigehiko KANAYA, Yoshihumi UJIIE, Katumi HASEGAWA, Takehiro SATO, Hayato IMADA, Makoto KINOUCHI, Yoshihiro KUDO, Tateaki OGATA, Hiroaki OHYA, Hitoshi KAMADA, Kenji ITAMOTO, and Kazuhiro KATSURA, ``Proteome analysis of Oncorhynchus species during embryogenesis,'' ELECTROPHORESIS 2000, Vol. 21, No. 9, pp. 1907-1913, May 2000.

3. 香川秀樹, 木ノ内誠, 萩原将文, ``人工生命的手法による画像の領域分割,'' 日本ファジィ学会誌, Vol. 12, No. 1, pp. 176-184, 2000年2月.

2. 木ノ内誠, 萩原将文, ``複素リカレントニューラルネットワークを用いたメロディの記憶と想起,'' 情報処理学会論文誌, Vol. 39, No. 5, pp. 1232-1239, 1998年5月.

1. 木ノ内誠, 萩原将文, ``複素ニューロンによる時系列の学習,'' 電気学会論文誌, Vol. 116-C, No. 7, pp. 748-754, 1996年7月.


国際会議論文 (査読あり)

21. Takashi ABE, Hideaki SUGAWARA, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, Yasaburo MATUURA, Heizo TOKUTAKA, and Toshimichi IKEMURA, ``A large-scale Self-Organizing Map (SOM) constructed with the Earth Simulator unveils sequence characteristics of a wide range of eukaryotic genomes,'' Workshop 2005 on Self-Organizing Maps (Paris, France), pp. 187-194, September 2005.

20. Takashi ABE, Toshimichi IKEMURA, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, and Hideaki SUGAWARA, ''A novel bioinformatics strategy for phylogenetic study of genomic sequence fragments: self-organizing map (SOM) of oligonucleotide frequencies,'' Workshop 2005 on Self-Organizing Maps (Paris, France), pp. 669-676, September 2005.

19. Makoto KINOUCHI and Yoshihiro KUDO, ``Detection of tRNA genes from DNA sequences of eukaryotes,'' The Fifteenth International Conference on Genome Informatics (Yokohama, Japan), pp. P113-1-2, December 2004.

18. Takashi ABE, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, Yoko KOSAKA, and Toshimichi IKEMURA, ``Novel bioinformatics for unveiling hidden characteristics in genome sequences and searching in silico for genetic signal sequences,'' The 8th World Multi-Conference on Systemics, Cybernetics and Informatics (Orlando, Florida, USA), pp. 105-112, July 2004.

17. Hirokazu NISHIO, Md. Altaf-Ul-Amin, Yukiko NAKAMURA, Takashi ABE, Makoto KINOUCHI, Toshimichi IKEMURA, K. KOBAYASHI, Naotake OGASAWARA, Shigehiko KANAYA, ``Gene classification based on expression profile using BL-SOM: suitability assessment of multivariate gene expression data to spherical and plain SOM by N-measure,'' The 8th World Multi-Conference on Systematics, Cybernetics and Informatics (Orlando, Florida, USA), pp. 597-604, July 2004.

16. Makoto KINOUCHI and Yoshihiro KUDO, ``Much faster learning algorithm for Batch-Learning SOM and its application to Bioinformatics,'' Workshop on Self-Organizing Maps (Kitakyushu, Japan), pp. 107-111, September 2003.

15. Makoto KINOUCHI, Yuya SHIGA, and Yoshihiro KUDO, ``Introduction of virtual peptides as absolute indices in SOM for usage in bioinformatics,'' Workshop on Self-Organizing Maps (Kitakyushu, Japan), pp. 112-115, September 2003.

14. Makoto KINOUCHI, Naoshi TAKADA, Yoshihiro KUDO, and Toshimichi IKEMURA, ``Quick learning for batch-learning self-organizing map,'' Genome Informatics, Vol. 13, pp. 266-267, December 2002.

13. Takashi ABE, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, Yuta ICHIBA, Tokio KOZUKI, and Toshimichi IKEMURA, ``A novel bioinformatic strategy for unveiling hidden genome signatures of eukaryotes: self-organizing map of oligonucleotide frequency,'' Genome Informatics, Vol. 13, pp. 12-20, December 2002.

12. Makoto KINOUCHI and Yoshihiro KUDO, ``Detection of tRNA genes with introns from DNA sequences of Archaea,'' Genome Informatics, Vol. 12, pp. 431-432, December 2001.

11. Atsushi FUKUSHIMA, Makoto KINOUCHI, Yoshihiro KUDO, Shigehiko KANAYA, Hirotada MORI, and Toshimichi IKEMURA, ``Statistical analysis of genomic information: various periodicities in DNA sequence,'' Genome Informatics, Vol. 12, pp. 435-436, December 2001.

10. Makoto KINOUCHI, Takashi ABE, and Yoshihiro KUDO, ``Self-organizing mapping in codon usage diversity of bacterial genes,'' Joint Symposium on Bio-Sensing and Bio-Imaging (Yamagata, Japan), pp. 243-246, August 2001.

9. Kazuhiko KATSURA, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, Isao IOKA, Yoshihiro KUDO, and Tateaki OGATA, ``Detection of endocrine-disrupting activity for environmental materials by Salmonids,'' Joint Symposium on Bio-Sensing and Bio-Imaging (Yamagata, Japan), pp. 254-257, August 2001.

8. Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, Toshimichi IKEMURA, and Yoshihiro KUDO, ``Detection of tRNA based on the cloverleaf secondary structure,'' Genome Informatics, Vol. 11, pp. 301-302, December 2000.

7. Atsushi FUKUSHIMA, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, Yoshihiro KUDO, and Toshimichi IKEMURA, ``Statistical analysis of genomic information -- Long-range correlation in DNA sequences --,'' Genome Informatics, Vol. 11, pp. 315-316, December 2000.

6. Takashi ABE, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, Yoshihiro KUDO, Hirotada MORI, Hideo MATSUDA, Carlos Del Carpio, and Toshimichi IKEMURA, ``Gene classification method based on batch-learning SOM,'' Genome Informatics, Vol. 10, pp. 314-315, December 1999.

5. Hideki KAGAWA, Makoto KINOUCHI, and Masafumi HAGIWARA, ``Image segmentation by artificial life approach using autonomous agents,'' 1999 International Joint Conference on Neural Networks (Washington, D.C., USA), pp. 4413-4418, July 1999.

4. Maki KATAOKA, Makoto KINOUCHI, and Masafumi HAGIWARA, ``Music information retrieval system using complex-valued recurrent neural networks,'' 1998 IEEE International Conference on Systems, Man, and Cybernetics (San Diego, California, USA), pp. 4290-4295, October 1998.

3. Mirai TABUSE, Makoto KINOUCHI, and Masafumi HAGIWARA, ``Recurrent neural network using mixture of experts for time series processing,'' 1997 IEEE International Conference on Systems, Man, and Cybernetics (Orlando, Florida, USA), pp. 536-541, October 1997.

2. Makoto KINOUCHI and Masafumi HAGIWARA, ``Memorization of melodies by complex-valued recurrent network ,'' 1996 IEEE International Conference on Neural Networks (Washington, D.C., USA), pp. 1324-1328, June 1996.

1. Makoto KINOUCHI and Masafumi HAGIWARA, ``Learning temporal sequences using complex neurons with local feedback,'' 1995 IEEE International Conference on Neural Networks (Perth, Australia), pp. 3165-3169, November 1995.

国際会議 (査読なし)

15. Takashi ABE, Toshimichi IKEMURA, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, and Hideaki SUGAWARA, ``A novel bioinformatics approach for microbial diversity of environmental samples on the basis of self-organizing map (SOM),'' The 13th Annual International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, The International Society for Computational Biology (Detroit, USA), June 2005.

14. Takashi ABE, Toshimichi IKEMURA, Tokio KOZUKI, Satoshi NAKAGAWA, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, and Hideaki SUGAWARA, ``A novel bioinformatics approach for phylogenetics analyses of environmental and clinical samples on the basis of self-organizing map (SOM),'' Human Genome Meeting 2005 (Kyoto, Japan), April 2005.

13. Takashi ABE, Toshimichi IKEMURA, Tokio KOZUKI, Satoshi NAKAGAWA, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, and Hideaki SUGAWARA, ``A novel bioinformatics approach for genome analyses of environmental samples on the basis of self-organizing map (SOM),'' 16th International Genome Sequencing & Analysis (Washington, D.C., USA), September 2004.

12. Toshimichi IKEMURA, Takashi ABE, Makoto KINOUCHI, Yoshihiro KUDO, Satoshi NAKAGAWA, Tokio KOZUKI, Yoko KOSAKA, and Shigehiko KANAYA, ``Novel bioinformatics for unveiling hidden genome signatures: identification of horizontally transferred genes and metagenome analysis,'' International Workshop for Escherichia coli Towards New Biology in the 21st Century (Awaji, Japan), p. 52, October 2003.

11. Yoshihiro KUDO and Makoto KINOUCHI, ``Detection of bacterial class specific tRNA gene tandems,'' International Workshop for Escherichia coli Towards New Biology in the 21st Century (Awaji, Japan), p. 109, October 2003.

10. Makoto KINOUCHI and Yoshihiro KUDO, ``Fast learning algorithm for Self-Organizing Map,'' International Workshop for Escherichia coli Towards New Biology in the 21st Century (Awaji, Japan), p. 110, October 2003.

9. Takashi ABE, Satoshi NAKAGAWA, Tokio KOZUKI, Makoto KINOUCHI, Yoko KOSAKA, Shigehiko KANAYA, and Toshimichi IKEMURA, ''Novel bioinformatics for phylogenetic classifications of genomic sequences from uncultured microorganisms in environmental, clinical samples,'' The 6th International Marine Biotechnology Conference (Chiba, Japan), September 2003.

8. Takashi ABE, Shigehiko KANAYA, Atsushi FUKUSHIMA, Makoto KINOUCHI, Yoko KOSAKA, Tokio KOZUKI, and Toshimichi IKEMURA, ``Inter- and intra- species characterizations of eukaryotic genome sequences and in silico prediction of genetic signal sequences,'' The 5th International Workshop on Advanced Genomics (Yokohama, Japan), p. 104, June 2003.

7. Takashi ABE, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, Nanayo ISHIHARA, Yoko KOSAKA, Tokio KOZUKI, Akira OHYAMA, and Toshimichi IKEMURA, ``Self-organizing maps reveal hidden genome characteristics on a single map analyzing 90 genomes of prokaryotes and eukaryotes'', Human Genome Meeting 2003 (Cancun, Mexico), April 2003.

6. Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, Takashi ABE, Yuko YAMADA, Yoshihiro KUDO, and Toshimichi IKEMURA, ``Species-specific diversity of codon usage based on multivariate analysis,'' The 6th International Symposium, The Graduate University for Advanced Studies (Hayama, Japan), March 2001.

5. Atsushi FUKUSHIMA, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, Yoshihiro KUDO, and Toshimichi IKEMURA, ``Statistical analysis of genomic information -- Long-range correlation in DNA sequences --,'' The 6th International Symposium, The Graduate University for Advanced Studies (Hayama, Japan), March 2001.

4. Makoto KINOUCHI, Takamitsu SAKAI, Shigehiko KANAYA, and Yoshihiro KUDO, ``Intron sequences of human mRNAs,'' The 6th International Symposium, The Graduate University for Advanced Studies (Hayama, Japan), March 2001.

3. Makoto KINOUCHI, Yuko YAMADA, Shigehiko KANAYA, Yoshihiro KUDO, and Toshimichi IKEMURA, ``Detection of tRNA genes in the complete genome sequence of unicellular and multicellular species,'' The 6th International Symposium, The Graduate University for Advanced Studies (Hayama, Japan), March 2001.

2. Yoshihumi UJIIE, Yoshihiro KUDO, Shigehiko KANAYA, and Makoto KINOUCHI, ``Architecture based on dipeptide usage by self-organizing mapping,'' The 6th International Symposium, The Graduate University for Advanced Studies (Hayama, Japan), March 2001.

1. Takashi ABE, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, Yoshihiro KUDO, and Toshimichi IKEMURA, ``Codon usage diversity of bacterial genes: An application of self-organization mapping for investigating origin of horizontal transfer genes,'' The 6th International Symposium, The Graduate University for Advanced Studies (Hayama, Japan), March 2001.


国内シンポジウム, 研究会

74. 前川大智, 木ノ内誠, ``原核生物のタンパク質コード領域における隣接コドンの解析,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成25年度第7回 (米沢), 2014年3月.

73. 前川大智, 木ノ内誠, ``コドン上での隣接する塩基の使用頻度解析,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成24年度第6回 (米沢), 2013年3月.

72. 小池公洋, 木ノ内誠, ``文字の含量に基づくバクテリアゲノムの配列解析,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成23年度第8回 (米沢), 2012年3月.

71. 小池公洋, 木ノ内誠, ``バクテリアの塩基配列における文字の含量を用いた解析,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成22年度第6回 (米沢), 2011年3月.

70. 加藤雅人, 木ノ内誠, ``特徴的な信号に着目した生物ゲノムの配列解析,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成21年度第6回 (米沢), 2010年3月.

69. 石井まゆ, 木ノ内誠, ``DNA塩基配列におけるパリンドロームの解析,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成20年度第6回 (米沢), 2009年3月.

68. 菅原遥, 木ノ内誠, ``ゲノムDNAにおけるtRNA/rRNA遺伝子配置の解析,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成20年度第6回 (米沢), 2009年3月.

67. 阿部貴志, 池村淑道, 小原康雄, 上原啓史, 中泉友紀, 平野晋也, 木ノ内誠, 金谷重彦, 山田優子, 武藤晃, 井口八郎, ``エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース,'' 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会 (神戸), 2008年12月.

66. 阿部貴志, 池村淑道, 小原康雄, 武藤晃, 山田優子, 上原啓史, 木ノ内誠, 金 谷重彦, 井口八郎, ``エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース,'' 日本遺伝学会第80回大会 (名古屋), 2008年9月.

65. 小林達史, 木ノ内誠, ``制限酵素認識配列を手がかりとしたDNA塩基配列からの特徴抽出,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成18年度第6回 (米沢), 2007年3月.

64. 成田裕司, 木ノ内誠, ``可聴化によるゲノムからの特徴抽出の試み,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成18年度第6回 (米沢), 2007年3月.

63. 平田拓, 勝又愛啓, 佐藤力哉, 木ノ内誠, 坂田耕一, 藤井博匡, ``腫瘍内酸素分圧のEPRオキシメトリー,'' 第45回電子スピンサイエンス学会年会 (京都), pp. 324-325, 2006年11月.

62. 阿部貴志, 池村淑道, 金谷重彦, 木ノ内誠, 菅原秀明, ``自己組織化地図法(Self-Organizing Map)に基づいた環境由来DNA配列からの微生物多様性解明,'' 日本微生物資源学会第12回大会 (かずさ), 2005年6月.

61. 平尾研一, 木ノ内誠, 工藤喜弘, ``ゲノムDNAからのtRNAおよびrRNA遺伝子候補検出への特性タンデム法の応用,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成16年度第5回 (米沢), 2005年3月.

60. 阿部貴志, 池村淑道, 金谷重彦, 木ノ内誠, 上月登喜男, 中川智, 菅原秀明, ``環境由来DNA配列解析に基づく培養困難な微生物群の系統推定のための新規な情報学的手法:自己組織化地図法 (Self-Organizing Map),'' 第7回微生物ワークショップ (かずさ), 2005年3月.

59. 阿部貴志, 菅原秀明, 木ノ内誠, 金谷重彦, 池村淑道, ``ゲノムに潜む道のシグナル配列類を探索するための新規なゲノム情報学,'' 第27回日本分子生物学会年会 (神戸), 2004年12月.

58. 阿部貴志, 池村淑道, 中川智, 上月登喜男, 木ノ内誠, 金谷重彦, 菅原秀明, ``環境由来DNA配列に基づいた自己組織化地図法(Self-Organizing Map)による培養困難な微生物群の系統推定手法の開発,'' 第27回日本分子生物学会年会 (神戸), 2004年12月.

57. 阿部貴志, 菅原秀明, 金谷重彦, 木ノ内誠, 中川智, 上月登喜男, 池村淑道, ``自己組織化地図法(SOM)を用いた環境中の難培養性微生物群由来のゲノムDNA断片配列の系統分類,'' 日本遺伝学会第76回大会 (大阪), 2004年9月.

56. 阿部貴志, 池村淑道, 中川智, 上月登喜男, 木ノ内誠, 金谷重彦, 菅原秀明, ``環境由来DNA配列に基づく培養困難な微生物群の系統推定のための新規な情報学的手法:自己組織化地図法(Self-Organizing Map), '' 第6回進化学会 (東京), 2004年8月.

55. 竹花みづほ, 木ノ内誠, 工藤喜弘, ``ゲノムDNA塩基配列の規則性に基づく遺伝子群の検出,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成15年度第5回 (米沢), 2004年3月.

54. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 上月登喜男, 中川智, 小坂洋子, 池村淑道, ``生物多様性とゲノム機能研究への新規な情報学的手法;自己組織化マップ(Self-Organizing Map: SOM),'' 第6回ワークショップ「微生物ゲノム研究のフロンティア」 (木更津), 2004年3月.

53. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 小坂洋子, 池村淑道, ``Non-coding RNAならびにcDNAのUTR領域の機能推定のための新規な情報学: 自己組織化地図法SOM,'' 第26回日本分子生物学会年会 (神戸), 2003年12月.

52. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 中川智, 上月登喜男, 福島敦史, 小坂洋子, 池村淑道, ``真核生物ゲノム配列に潜む新たな暗号を網羅的に探索する情報学: 自己組織化地図法 (SOM: Self-organizing Map),'' 第26回日本分子生物学会年会 (神戸), 2003年12月.

51. 阿部貴志, 中川智, 上月登喜男, 金谷重彦, 木ノ内誠, 池村淑道, ``自己組織化地図法(SOM)に基づいたオリゴヌクレオチド組成による環境微生物群の系統推定法の開発,'' 第4回極限環境微生物学会年会 (埼玉), 2003年12月.

50. 阿部貴志, 中川智, 上月登喜男, 金谷重彦, 木ノ内誠, 小坂洋子, 池村淑道, ``自己組織化地図法(SOM)に基づいたオリゴヌクレオチド組成による環境微生物群の系統推定法の開発,'' 日本遺伝学会第75回大会 (仙台), 2003年9月.

49. 池村淑道, 阿部貴志, 木ノ内誠, 金谷重彦, ``真核生物ゲノムの多様な遺伝シグナルを検出する新規な情報学的手法; 自己組織化地図法(SOM),'' 日本遺伝学会第75回大会 (仙台), 2003年9月.

48. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 上月登喜男, 中川智, 福島敦史, 小坂洋子, 池村淑道, ``自己組織化法に基づいた生物種固有のオリゴヌクレオチド組成によるゲノム多様性の解明,'' 第5回進化学会 (福岡), p. 117, 2003年8月.

47. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 上月登喜男, 中川智, 福島敦史, 小坂洋子, 池村淑道, ``ゲノム配列に潜む生物種の個性に着目したゲノム進化の素過程の研究,'' 第5回進化学会 (福岡), p. 40, 2003年8月.

46. 木ノ内誠, 工藤喜弘, ``一括学習SOMの学習高速化,'' ワークショップ「大腸菌ゲノミクスのさらなる発展に向けて: リソースの開発と今後」 (淡路), 2003年3月.

45. 工藤喜弘, 今野富晴, 佐藤勇一, 宮本純子, 三塚智一, 大矢敏行, 野辺地雄司, 木ノ内誠, ``細菌のtRNA遺伝子の共通タンデム,'' ワークショップ「大腸菌ゲノミクスのさらなる発展に向けて: リソースの開発と今後」 (淡路), 2003年3月.

44. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 上月登喜男, 池村淑道, ``自己組織化法のゲノム配列解析への適用,'' 第4回自己組織化マップ研究会2003 (東京), pp. 53-58, 2003年3月.

43. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 上月登喜男, 大山彰, 池村淑道, ``自己組織化地図法(SOM)を用いた配列既知の全ゲノムを対象にしたゲノム個性の解析,'' 第5回ワークショップ「微生物ゲノム研究のフロンティア」 (木更津), p. 24, 2003年3月.

42. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 市場勇太, 上月登喜男, 池村淑道, ``ゲノム配列中に潜む生物種固有な特徴を検出するための新規アルゴリズム(SOM)の開発,'' 第25回日本分子生物学会年会 (横浜), p. 58, 2002年12月.

41. 木ノ内誠, 高田直志, 工藤喜弘, ``一括学習型自己組織化マップの高速学習,'' 第25回情報化学討論会 (豊橋), pp. 133-134, 2002年11月.

40. 林稔久, 木ノ内誠, 工藤喜弘, ``遺伝情報の質疑の広場,'' 日本コンピュータ化学会2002秋季年会 (米沢), pp. 56-57, 2002年11月.

39. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 市場勇太, 上月登喜男, 池村淑道, ``ゲノム配列中に潜む生物種固有な特徴を検出するための新規な情報学的手法,'' 日本遺伝学会第74回大会 (福岡), 2002年10月.

38. 池村淑道, 阿部貴志, 市場勇太, 渡辺良久, 木ノ内誠, 金谷重彦, ``ヒトゲノム配列中に潜む多様な特徴を検出する新規な情報学的手法; 自己組織化地図,'' 日本遺伝学会第74回大会 (福岡), 2002年10月.

37. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 上月登喜男, 市場勇太, 池村淑道, ``広範囲な生物ゲノムに潜む種固有な特徴を検出するための自己組織化法 (SOM),'' 第3回CBI学会 (東京), 2002年9月.

36. 阿部貴志, 上月登喜男, 河合宏紀, 西達也, 大山彰, 木ノ内誠, 金谷重彦, 工藤喜弘, 池村淑道, ``改良型自己組織化法を利用した遺伝子機能予測システム(XanaMine)の開発,'' 第4回ワークショップ「微生物ゲノム研究のフロンティア」 (木更津), 2002年2月.

35. 阿部貴志, 木ノ内誠, 金谷 重彦, 西達也, 河合宏紀, 市場勇太, 西橋藍, 中川智, 上月登喜男, 大山彰, 工藤喜弘, 池村淑道, ``改良型自己組織化法によるコドン組成に基づく遺伝子の分類,'' 第24回日本分子生物学会 (横浜), 2001年12月.

34. 西達也, 河合宏紀, 市場勇太, 西橋藍, 太田紀夫, 中川智, 上月登喜男, 大山彰, 阿部貴志, 木ノ内誠, 金谷重彦, 工藤喜弘, 池村淑道, ``改良型コホネン自己組織化法によるモデル生物のゲノム解析,'' 第24回日本分子生物学会 (横浜), 2001年12月.

33. 木ノ内誠, 工藤喜弘, ``DNA塩基配列からのイントロンを持ったtRNA遺伝子の検出,'' 第24回情報化学討論会 (徳島), pp. 67-68, 2001年11月.

32. 工藤喜弘, 木ノ内誠, ``ヒトmRNA遺伝子のイントロンの塩基配列,'' 第24回情報化学討論会 (徳島), pp. 69-70, 2001年11月.

31. 林稔久, 木ノ内誠, 工藤喜弘, 金谷重彦, ``生体高分子配列データに関する討論用のデータベース,'' 第24回情報化学討論会 (徳島), pp. 101-102, 2001年11月.

30. 高田直志, 木ノ内誠, 工藤喜弘, 金谷重彦, ``バクテリアtRNA遺伝子の新しい共通配列,'' 第24回情報化学討論会 (徳島), pp. 103-104, 2001年11月.

29. 原野貴博, 木ノ内誠, 工藤喜弘, 金谷重彦, ``有機構造の論理的に合理的な解析,'' 第24回情報化学討論会 (徳島), pp. 127-128, 2001年11月.

28. 高田直志, 工藤喜弘, 木ノ内誠, 金谷重彦, ``tRNA配列特徴の抽出,'' 化学系7学協会連合東北地方大会 (鶴岡), p. 63, 2001年9月.

27. 木ノ内誠, 工藤喜弘, 金谷重彦, ``ヒトmRNAのイントロンの塩基配列,'' 化学系7学協会連合東北地方大会 (鶴岡), p. 64, 2001年9月.

26. 佐々木浩二, 工藤喜弘, 木ノ内誠, 金谷重彦, ``蛋白質の機能と二アミノ酸組成の関係,'' 化学系7学協会連合東北地方大会 (鶴岡), p. 64, 2001年9月.

25. 林稔久, 工藤喜弘, 木ノ内誠, 金谷重彦, ``生体高分子の討論用データベース,'' 化学系7学協会連合東北地方大会 (鶴岡), p. 65, 2001年9月.

24. 原野貴博, 工藤喜弘, 木ノ内誠, ``有機化合物の系統的構造解析の手法,'' 化学系7学協会連合東北地方大会 (鶴岡), p. 171, 2001年9月.

23. キョウ大宇, 工藤喜弘, 木ノ内誠, ``有機化合物の構造解析の手法の解析,'' 化学系7学協会連合東北地方大会 (鶴岡), p. 171, 2001年9月.

22. 木ノ内誠, 金谷重彦, 工藤喜弘, ``ゲノムDNA塩基配列からの未知のtDNAの検出,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成12年度第4回 (米沢), 2001年3月.

21. 木ノ内誠, 坂井孝光, 金谷重彦, 工藤喜弘, ``ヒトmDNA塩基配列のin silico分析による新しいイントロン型の発見,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成12年度第4回 (米沢), 2001年3月.

20. 氏家義史, 金谷重彦, 木ノ内誠, 工藤喜弘, ``ポストゲノム解析:二アミノ酸配列にもとづいた蛋白質アーキテクチャ,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成12年度第4回 (米沢), 2001年3月.

19. 福島敦史, 金谷重彦, 木ノ内誠, 工藤喜弘, ``ゲノムのフラクタル性,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成12年度第4回 (米沢), 2001年3月.

18. 金谷重彦, 阿部貴志, 木ノ内誠, 工藤喜弘, ``遺伝子分類への自己組織化法の適用,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成12年度第4回 (米沢), 2001年3月.

17. 金谷重彦, 今田隼人, 木ノ内誠, 工藤喜弘, ``環境物質検出の指標としての魚類の適性,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成12年度第4回 (米沢), 2001年3月.

16. 金谷重彦, 大平賢, 木ノ内誠, 工藤喜弘, ``コドン使用を決定する因子,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成12年度第4回 (米沢), 2001年3月.

15. 木ノ内誠, 坂井孝光, 金谷重彦, 工藤喜弘, ``ヒトのmDNAのイントロンの構造,'' 第23回情報化学討論会 (京都), pp. 50-51, 2000年10月.

14. 木ノ内誠, 金谷重彦, 工藤喜弘, ``バクテリアtDNAの検出,'' 第23回情報化学討論会 (京都), pp. 52-53, 2000年10月.

13. 福島敦史, 金谷重彦, 木ノ内誠, 工藤喜弘, ``ゲノム情報の統計的解析 --DNA塩基配列に見られる長距離相関--,'' 生物物理, Vol. 40, Suppl. 1, S68, 2000年9月.

12. 木ノ内誠, 阿部貴志, 工藤喜弘, 金谷重彦, ``一括学習SOMを用いたコドン利用特性に基づく遺伝子の分類,'' Annals of Neuroscience Meeting in Yamagata, Vol. 1, pp. 55-60, 2000年5月.

11. 坂井孝光, 木ノ内誠, 金谷重彦, 工藤喜弘, ``ヒトゲノムのエキソンとイントロンの識別,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成11年度第5回 (米沢), 2000年3月.

10. 氏家義史, 木ノ内誠, 金谷重彦, 工藤喜弘, ``サケ科魚類のプロテオーム解析,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成11年度第5回 (米沢), 2000年3月.

9. 佐々木浩二, 氏家義史, 木ノ内誠, 金谷重彦, 工藤喜弘, ``サケ科魚類遺伝情報の電子化,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成11年度第5回 (米沢), 2000年3月.

8. 阿部貴志, 木ノ内誠, 金谷重彦, 工藤喜弘, ``自己組織化法による遺伝子の分類,'' 情報処理学会東北支部研究会, 平成11年度第5回 (米沢), 2000年3月.

7. 工藤喜弘, 金谷重彦, 木ノ内誠, ``tDNAの系統的検出,'' 第22回情報化学討論会 (米沢), pp. 16-17, 1999年11月.

6. 工藤喜弘, 金谷重彦, 木ノ内誠, 坂井孝光, ``ヒトゲノムのエキソンとイントロンの識別,'' 第22回情報化学討論会 (米沢), pp. 18-19, 1999年11月.

5. 阿部貴志, 金谷重彦, 工藤喜弘, 木ノ内誠, 大平賢, ``学習順に依存しない自己組織化法の開発,'' 第22回情報化学討論会 (米沢), pp. 146-147, 1999年11月.

4. 木ノ内誠, 萩原将文, ``複素リカレントネットワークを用いたメロディ検索,'' 医用電子と生体工学, Vol. 35, Suppl. 2, p. 111, 1997年11月.

3. 木ノ内誠, 萩原将文, ``リカレントネットワークを用いたメロディの記憶と想起,'' 日本ME学会MEにおけるニューロ情報処理研究会講演論文集, Vol. 5, pp. 3-4, 1997年.

2. 田伏未来, 木ノ内誠, 萩原将文, ``Mixture of Expertsを用いたリカレントネットワークによる時系列処理,'' 電子情報通信学会技術報告, NC96-168, pp. 99-106, 1997年3月.

1. 木ノ内誠, 萩原将文, ``自己フィードバックを有する複素バックプロパゲーション,'' 電子情報通信学会技術報告, NC94-40, pp. 63-70, 1994年10月.


著書

6. 阿部貴志, 池村淑道, 木ノ内誠, 中村由紀子, 前野聖, 金谷重彦, ``SOMの医学・生物学からバイオ産業の応用まで,'' 自己組織化マップとその応用, シュプリンガー・ジャパン, pp. 87-98, 2007年7月.

5. 中村由紀子, 真保陽子, 矢野美弦, モハマド・アルタフル・アミン, 黒川顕, 阿部貴志, 木ノ内誠, 斉藤和季, 池村淑道, 金谷重彦, ``自己組織化法のバイオインフォマティクスへの応用−メタボロームおよびトランスクリプトームデータの統合解析に向けて,'' DNAチップ活用テクノロジーと応用, シーエムシー出版, pp. 191-200, 2006年9月.

4. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 池村淑道, ``コドン使用量と生産量との関連,'' 生物工学ハンドブック, コロナ社, pp. 131-132, 2005年6月.

3. 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 池村淑道, ``自己組織化マップ(SOM): 比較ゲノムと生物多様性研究への新規な情報学的手法,'' ゲノミクス・プロテオミクスの新展開 〜生物情報の解析と応用〜, エヌ・ティー・エス, pp. 890-896, 2004年4月.

2. Makoto KINOUCHI, Masafumi HAGIWARA, ``Memorization of melodies using complex-valued recurrent neural network,'' Complex-Valued Neural Networks: Theories and Applications, World Scientific Publishing, pp. 205-226, November 2003.

1. 金谷重彦, 阿部貴志, 木ノ内誠, 池村淑道, ``ゲノム配列にひそむ特徴的なサインからみた生物多様性,'' ゲノムからみた生物の多様性と進化, シュプリンガーフェアラーク東京, pp. 58-64, 2003年6月.


特許

3. 池村淑道, 阿部貴志, 中川智, 上月登喜男, 金谷重彦, 木ノ内誠, ``塩基配列の分類システムおよびオリゴヌクレオチド出現頻度の解析システム,'' 特開2005-92786, 2005年4月.

2. 西達也, 河合宏紀, 池村淑道, 工藤喜弘, 金谷重彦, 木ノ内誠, 阿部貴志, ``多変量で記述された大量情報を高精度に分類する方法およびシステム,'' WO2002/050767, 2002年6月.

1. 木ノ内誠, 萩原将文, 香川秀樹, ``人工生命的手法に基づく画像処理方法及び装置並びに画像処理プログラムを 記録したコンピュータ読取可能な記録媒体,'' 特開2001-22925, 2001年1月.


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Makoto Kinouchi

kinouchi@yz.yamagata-u.ac.jp