Circular permutationを取り扱うことのできる構造局所アラインメント法

○廣池 隆明	ひろいけ たかあき	生物分子工学研
  藤 博幸	とう ひろゆき		生物分子工学研

  蛋白質の局所の立体構造を比較してアラインメントを行う、構造局所アライ
ンメント法は、ダブル・ダイナミック・プログラミングを用いて、１９９３年
にC.A.Orengo とW.R.Taylorにより開発されている。　しかし、この方法では、
Circular permutationの関係にある蛋白質のアラインメントが良好には行われ
ない問題があった。　
  そこで、我々は、蛋白質どうしの構造を比較をする為のstructural
environmentをCircular permutationに影響されない様に再構築して、構造局
所アラインメントを行う方法を開発した。　我々の方法により、通常の
Circular permutationの関係にない蛋白質はもちろんのこと、Circular
permutationの関係にある蛋白質のアラインメントも良好に行うことが出来る
様になった。